物理处理法：
物理法表现为直接，它直接清除水体中的藻类，不会产生二次污染，但该法往往需要耗费大量的劳力和能量，因此该方法只能局限于小水体或大水体的局部水域。物理法除了采取截流、疏浚、稀释和污水分流等措施减少外源污染物的入湖之外，还发展了机械或人工打捞收藻、超声波和粘土吸附和遮光技术等除藻方法。
生态处理法：
生物方法控藻从生态的角度，河道水体生态恢复，通过生物间的营养竞争和牧食关系来控制蓝藻水华。这种方法不造成二次污染，且具有经济、高效、合理的优点。目前主要开展的是微生物防治、食藻生物、水生植物抑制等方法的研究和尝试
水体生态恢复施工方法
1、水面养萍草水面上的植物有两种，一种是根在水里的浮水植物，它们是水葫芦、水葫狸等；另一种是根在河、湖底泥里的浮叶植物，它们是荷花、水鳖等。
2、水下种水草实践证明，水草茂盛的水体，往往水质很好，而且与众不同的是清澈见底。人工种植水草，也是修复河道、湖泊水生态系统的重要一环。
3、水里养鱼虾在放养鱼虾时，要注意食草性、食杂性、食肉性之间的搭配。鱼虾在的水里自由洄游，在水面泛起阵阵涟漪，水体生态恢复，使河道、湖泊显得生机蓬勃。
4、水底爬螺蚌螺蚌等贝壳类动物和大量的底栖动物，在水底形成了另一个世界，它们是名副其实的水底清道夫，专业水体生态恢复公司，其作用不可小看。
一、 生态河道治理从适宜生物栖息的角度出发，景观水体生态恢复，多方面考虑工程对水文、水深、流速、底质、河道形态、断面形式及材料等多方面生境因子的影响，构建适宜生物栖息及繁殖的生境条件。
二、 生态河道治理宜尽量保留河道天然的形态及断面，控制截弯取直，河道断面宽度及形式避免均一化、单一化。
三、生态河道治理需对治理效果进行跟踪和评估，提出改进建议和措施
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