经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区一：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
部分微生物jun种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。
要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区二：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。
少数用户在选购微生物肥料时，只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等，不同品种具有的功能也不同。
误区三：超过保质期使用就没有效果。
超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。
在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，微生物菌剂的价格，超过保质期使用，其作用非但没有减效，而且较之前更突出，有待进一步研究。
微生物肥料的作用
微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。
1.提升地力，固氮微生物，可以增加土壤中的氮素来源；解磷钾微生物，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，为作物吸收利用。并且施入菌肥后，能快速繁殖并能形成强大的有益菌群，从根本上改善了土壤生态结构，使板结的土壤疏松透气。
2.增强作物抗逆性。肥料中有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖；有益微生物的代谢产物能刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力；肥料中的菌中能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。
3.提高品质。微生物肥料能激发土壤中固定的钾、钙、锌等中微量营养元素，还能产生植物激俗类物质，刺激、调节作物生长，提高作物品质。
有机肥是大量有机物质经过堆积或添加微生物发酵剂发酵而成，多数为禽畜粪尿、植物秸秆、各种有机废弃物，经过堆积发酵或者添加微生物菌剂发酵而成，如果未经过处理的有机肥料直接使用在农田里容易形成二次发酵造成烧跟烧苗的问题。
使用金宝贝肥料发酵剂发酵好的有机肥对土壤有什么好处
1、有机肥可以提供作物生产所需要的养分，可以为作物成长提供充足的养分供给作物生长(除矿物质养分)，有机质在土壤中分解产生二氧化碳，可作为作物光合作用的原料，有利于作物产量提高。
2、改良土壤结构，增强土壤肥力，提高土壤有机质含量，更新土壤腐殖质组成，培肥土壤 ，土壤有机质是土壤肥力的重要指标，是形成良好土壤环境的物质基础。土壤有机质由土壤中未分解的、半分解的有机物质残体和腐殖质组成。
新鲜有机肥料，在金宝贝微生物作用下，分解转化成简单的化合物，同时经过生物化学的作用，又重新组合成新的、更为复杂的、比较稳定的土壤特有的大分子高聚有机化合物，为黑色或棕色的有机胶体，微生物菌剂，即腐殖质。腐殖质是土壤中稳定的有机质，对土壤肥力有重要影响。
3、提高土壤生物活性，刺激作物生长，有机肥料是微生物取得能量和养分的主要来源，微生物菌剂厂家，施用有机肥料，有利于土壤微生物活动，促进作物生长发育。
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