PCR实验室是分子诊断的基础，也是进行PCR实验的必备场所。近些年，分子诊断行业快速发展，对PCR的认识又进入到了一个新的阶段，但是基于实验室的基本知识仍然是非常重要的一环。
PCR实验室注意事项——标本制备区
由于在样本混合、核酸纯化过程中可能会发生气溶胶所致的污染，可通过在本区内设立正压条件，避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。
PCR实验室注意事项——扩增产物分析区
用过的吸头也必须放至1 mol/L HCl中浸泡后再放到垃圾袋中按程序处理，如焚烧。由于本区有可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，故应当注意实验人员的安全防护。
PCR实验室的设计原则
使用实时荧光PCR仪，扩增区、扩增产物分析区可合并；
采用样本处理、核酸提取及扩增检测为一体的自动化分析仪，则标本制备区、扩增区、扩增产物分析区可合并。
PCR实验室各区功能及主要设备
扩增产物分析区：扩增产物的测定。本区主要设备加样器和水浴箱等。本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域。
PCR实验室注意事项——扩增产物分析区
本区是主要的扩增产物污染来源，因此必须注意避免通过本区的物品及工作服将扩增产物带出。在使用PCR-ELISA方法检测扩增产物时，必须使用洗板，废液必须收集至1 mol/L HCl中，并且不能在实验室内倾倒，而应当至远离PCR实验室的地方弃掉。
PCR实验室工作基本原则
工作结束后，必须立即对工作区进行清洁。工作区的实验台表面应当可耐受诸如化学物质的消毒清洁作用。实验台表面的紫外照射应当方便有效。
PCR实验室通风系统及压力控制
各区域之间应具备单向的实验工艺流、物流与气流，形成单向流程的保护屏障，避免实验之间的相互干扰，防止气溶胶扩散对实验过程造成污染。
PCR实验室注意事项——试剂储存和准备区
贮存试剂和用于标本制备的消耗品等材料应当直接运送至试剂贮存和准备区，不能经过扩增检测区，试剂盒中的阳性对照品及质控品不应当保存在该区，应当保存在标本处理区。
