食用菌灭菌器主要是用于各种食用菌的消毒，如大棚内种植的双胞菇、平菇、灵芝、香菇等菌种德消毒。饭店、食品罐头厂、宾馆、防疫、医院等卫生消毒均可
消毒灭菌是排除杂菌干扰，为食用菌创造洁净生长环境的重要保证。也是食用菌生产中的一项基本技术。
1.灭菌杀死一定环境、物品中的一切微生物（包括芽孢），使一定范围内的微生物永远丧失生长繁殖能力，使之达到无菌程度，是灭菌的目的。经过灭菌的物品称“无菌物品”。灭菌可分为杀菌和溶菌。杀菌是指菌体失活，但菌形尚存。溶菌是指菌体死亡后发生溶解、消失的现象。
2.消毒：杀死环境、物品中的病原菌（杀不死芽孢）,而对被消毒物品基本无害的方法为消毒。
3.防腐：暂时抑制其生长。使微生物暂时处于不生长、不繁殖、但又未死亡的状态，称为防腐。属于一种抑菌作用。
4.除菌用冲洗、过滤、离心、静电吸附等机械手段，除去微生物的方法为除菌。
消毒灭菌主要利用物理或化学因素。各种理化因子究竟能起到灭菌、消毒、防腐中的哪种效果，主要取决于本身的强度或浓度、作用时间、微生物对理化因子的敏感性及菌龄等综合因素的影响。任何消毒灭菌法的使用，必须达到既杀灭物品中的微生物，又不破坏其固有性质的目的。
