医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒（见水的消毒、废水氧化处理法）。
医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下专用衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。
医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，必须进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用漂*、石灰、氨水、或苛性钠等。用漂*或时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。
医院医疗污水处理消毒设备
排放标准
1、 **医疗机构污水排放规范 （GB18466-2005）
2、《乡镇污水处理厂污染物排放规范》(GB18918-2002)
3、《室外排水规划规范》(GBJ14-87)
4、《污水排入城市下水道水质规范》（CJ18-86）
5、《乡镇污水处理站隶属建筑和隶属设备规划规范》
6、《给水排水工程结构规划规范》
7、《给水排水构筑物施工及查验规范》（GBJ141—90）
8、《城市区域环境噪声规范》（GB3096—96）
9、《给排水工程概预算与经济评价手册》
设备特点
1、占地面积小、安装方便
2，自动运行、操作简单、整个系统无需专人管理
3、系统处理**稳定**
4、外表美观、结构紧凑、便于移动
5、无需投加药剂，节省后续运行成本
6、臭氧消毒，灭菌率达99%，消毒
