穴盘的深度
现阶段的穴盘深度在3-5厘米左右，穴盘深度越深，越有利于根系生长和水分的吸收，其根系长得越好，缺点就是需要的基质会多一点。现在市场上也出现了苗木的加深穴盘，其深度达到了9-11厘米，对于大苗培育的品种可以使用，例如草莓苗等。
孔穴的形状
穴盘孔穴的形状主要有圆形和方形。对于相同规格的穴盘，育苗盘，方形孔穴的容量更大，水分分布更加均匀，根系生长更好。但因为方形孔穴容易在棱角形成死角，根系盘根不佳，从孔洞伸出，虽然圆形孔穴容量较小，但其具有良好的盘根特性，因此在选择上需要充分考虑。
育苗盘
穴盘育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱锥体，50孔育苗盘，故又称为“塞子苗”，采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。
移栽时不损伤根系，缓苗迅速，多肉育苗盘，成活率高。
适合远距离运输和机械化移栽，穴盘育苗是以轻基质无土材料做育苗基质，生产育苗盘，这些育苗基质具有比重轻、保水能力强、根坨不易散等特点，缓苗快，成活率高。穴盘育苗还可配备机械化移栽。
增加育苗密度，便于集约化管理，提高温室利用率，降低生产 成本。
在运输车里穴盘可以立体多层摆放，非常适宜远距离运输。从播种室运到成苗室，或把穴盘苗从高温处移到低温处、从相对弱光处移到强光处，或从育苗室运到耕地里定植都很方便。节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植.这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。如果不用较大的苗定植，可直接用穴盘苗栽培。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫、面包虫、黄粉虫等。
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