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第二步是对前述简化审理程序的案件，允许嫌疑人或辩护人与公诉人在庭审查明事实基础上，庭后就应处罪名与刑罚进行磋商。这步强调两点，一是事实已经庭审查明，嫌疑人也供认不讳；二是在查明事实基础上，根据法律规定进行协商。嫌疑人对公诉人指控的事实有争议的，不适用该磋商程序。嫌疑人与公诉人不能达成一致意见或达成的意见认为不符合法律规定的，依法作出判决。如果达成的意见认为符合法律规定的，直接将该意见作为刑事判决书主文。
刑事公诉案件案卷移送是、公诉和审判的连接点，40年来，我国刑事公诉案件历经了1979年的全卷移送制度、1996年的复印件移送制度、2012年全卷移送制度三个阶段，从其中的演变，可反映刑事的进步与发展。刑事公诉案件案卷移送虽然只是刑事程序中的一个小环节，但它却是、公诉和审判的连接点，从其中的演变，可反映刑事的进步与发展。潢川取保候审律师-推荐要永辉律师-擅长疑难复杂案件！40年来，我国历经了1979年的全卷移送制度、1996年的复印件移送制度、2012年全卷移送制度三个阶段。
我国刑法中规定的“徇私”类渎职共有16个条文18个罪名（如徇私舞弊不移交刑事案件罪、商检徇私舞弊罪等），除了刑法第三百九十七条第二款和根据《刑法修正案》修正的百六十八条第三款将“徇私”舞弊规定为加重处罚的情节外，其他条文都将“徇私”规定为成立的构成要件。关于“徇私”如何理解，是刑法中所有“徇私”类渎职的共性问题，也往往是认定行为人是否构成的关键问题。实践中，对此问题存在不同看法：一种意见认为，1996年高人民检察院《关于办理徇私舞弊案件适用法律若干问题的解释》中曾规定，徇私舞弊中的“私”包括“为牟取单位或小集体不正当利益”。因此，“徇私”不仅包括徇个人私情、私利，还包括徇单位之私、徇小团体之私。另一种意见认为，1996年高人民检察院的上述解释在1997年刑法修改后不宜再适用。个人与单位毕竟不同，而且有的单位其性质就是追求利润，因而为单位追求利润、牟取利益的行为不宜认定为“徇私”。
1979年刑事法的全卷移送制度。该法第108条规定：“人民对提起公诉的案件进行审查后，对于事实清楚、证据充分的，应当决定开庭审判；对于主要事实不清、证据不足的，可以退回人民检察院补充；对于不需要判刑的，可以要求人民检察院撤回起诉。”并没有直接规定案卷移送方式，但是实践中，检察机关都是将机关和检察机关的卷宗全部移送，采用的是全案卷宗移送方式。这种卷宗移送制度是与我国当时的时代背景相符的。一是我国具有职权主义传统。潢川取保候审律师-推荐要永辉律师-擅长疑难复杂案件！1910年的“大清刑事律”草案为部刑事法草案，即采用法系的职权主义。
2、回避的对象范围及顺序。法官、辩护人或代理人都可被列为回避的对象。回避是基于他们之间存在利害关系，因此只需择其一者回避即可达到目的，这样便产生回避顺序问题。从回避的实质及严格管理法官队伍的角度考虑，法官应当列为顺序回避的对象，那些与法官有着直系亲属关系的辩护人和代理人，可以列为第二顺序回避的对象，与法官有着其他亲友关系的辩护人和代理人，可以列为第三顺序回避的对象，只有在应当回避的法官因特殊原因无法回避时，才由辩护人和代理人回避。对于曾经从事过工作的特殊身份的律师，基于其原来的法官身份所客观存在的影响力，在一定的范围和期限内，他们应当被列入第二顺序的回避对象，在法官不存在应当自行回避情形的情况下，他们理应回避本院的法律业务。
新成立后，受苏联、日本和德国的影响，采用的也是职权主义模式，实行全案卷宗移送制度；二是当时我国法官的整体水平较低，不可能仅仅靠一纸起诉书就驾驭整个庭审，查明案件事实；三是法官可以提前明确案件争议的焦点，制定庭审提纲，主导证据调查活动并查明案件事实，提高庭审效率，节约庭审资源；四是辩方在审判前知悉控方的全部证据材料，潢川取保候审律师-推荐要永辉律师-擅长疑难复杂案件！有利于被告方辩护权的保障。
三、对我国刑事瑕疵证据可否采用的理性思考。1、我国国情决定了部分采用瑕疵证据具有现实基础。我国刑事的根本目的是打击，保护人民，教育公民自觉遵守法律，积极同行为作斗争。以美国为代表的瑕疵证据排除规则尽管确有其合理内涵，但在我国目前还不具有这种法治环境，有限的资源和相对落后的技术也不足以支撑意义的瑕疵证据的排除。虽然注重对个利的保护已成为潮流，但如果对刑事瑕疵证据一概予以排除，容易使真正有罪的人将在确凿可信但却存有合法性瑕疵的证据面前走出法庭，虽然其得到了大的保护，取证人员的观念也将会得到加强，但惩罚、保护社会秩序这一重要价值却被过多地破坏。潢川取保候审律师-推荐要永辉律师-擅长疑难复杂案件！