纸质归档文件收集与整理为主的机关，应按照以下模式开展归档文件整理。
（1）收到的电子文件应打印形成纸质文件，连同收到的纸质文件和本单位形成的纸质文件一并以纸质形态进行文件流转处理。
（2）纸质文件流转完毕后，由文书部门、业务部门人员对文件进行价值鉴定，档案整理管理，有归档价值的文件应直接确定保管期限，档案整理方案，对文件进行分类整理，并赋予档号，完成纸质文件整理。
（3）收到的电子文件、纸质文件的数字化成果合并整理为电子档案，电子档案应与整理完毕的纸质档案采取相同的保管期限、分类排列方法，并编制相同的档号，与纸质档案一体化进行管理。
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档案整理
主要内容包括：区分全宗、全宗内档案分类、、案卷封面编目、案卷目录编制。具体内容：(1)会计凭证类：反映资金牧付业务的原始凭证、记账凭证、汇总凭证及其他出纳凭证。
(2)财务报告类：包括月度、季度、年度的出纳报告、附注及文字说明，档案整理，银行存款对账单应银行存款余额调节表，其他出纳报告。
(3)会计账簿类：现金日记账、银行存款日记账、其他货币资金明细账、辅助账簿及其他备查薄 [1] 。
(4)其他类：作为收付依据的合同、协议及其他文件;按规定应单独存放保管的重要票证单据，如作废的支票、作废的票存根联与票、作废的收据存根联与收据;出纳盘点表和出纳考核报告等。
(5)档案管理类：出纳档案移交清册、出纳档案保管清册以及出纳档案销毁清册。出纳人员对档案进行整理时，一般包括分类、装订和成册三个步骤
归档文件整理应区分不同价值，档案整理咨询，便于保管和利用
便于保管、方便利用是归档文件整理工作的重要目标。便于保管，就是通过区别文件材料的不同价值，采取不同的保管策略，以提高管理工作的效能；方便利用，就是要保持文件材料之间的有机联系，以提高归档文件的查全率和查准率。因此，便于保管和方便利用是建立在遵循文件的形成规律、保持文件之间的有机联系、区分不同价值的基础之上的。同时，便于保管和方便利用也是检验归档文件整理方法实用性的标准。《规则》推行文件级整理，正是在新形势下对这一原则的合理运用。
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