归档文件整理应符合文档一体化管理要求，便于计算机管理或计算机辅助管理
这是《规则》修订提出的全新整理原则。在信息化条件下，归档文件整理必须统筹考虑纸质文件材料和电子文件的整理要求，避免因两类归档文件整理的基本原则、基本方法不同而带来的诸多问题9解决这一问题的基本思路就是实现信息化条件下的文档一体化管理，即将公文处理与档案管理相结合，充分利用文书处理过程中形成的数据信息和工作成果，使文书工作和归档文件的整理形成一个有序的整体，从而简化文件整理归档工作，提高工作效率。同传统立卷方法相比，档案整理，按件整理文件材料更加适合文档一体化管理要求，即可以将纸质文件材料整理与电子文件整理统一起来，尽量用电子文件管理的思路和方法去归档文件整理，进而实现纸质文件材料和电子文件统一标准、统一整理、统一管理的要求。文档一体化管理要求，应避免用纸质文件材料整理中的一些手工管理方式去要求电子文件的整理。比如，在实践中存在的将电子文件以盒为单位进行整理的现象，档案整理软件，就是机械照搬纸质文件材料整理的一种做法，既无谓增加整理步骤和工作量，又增加了检索层次，影响检索效率，是不可取的。
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局部调整
对已接收但不完全符合整理要求的案卷，进行必要的部分加工整理；对由于遭受损失、销毁与移出等各种原因致使整理体系发生重大变化的档案，进行新的系统化调整
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工程档案整理的步骤
主要步骤为：系统排列和编目、局部调整、全过程整理。
在正常条件下，档案整理扫描，档案室接收文书部门和业务部门按照归档要求立好的案卷，档案馆接收各机关按照入馆要求整理移交的案卷。档案馆和档案室的整理任务，主要是检查案卷质量，制订馆(室)内分类排列方案，进行案卷和全宗的系统排列以及案卷目录的加工。
对已接收但不完全符合整理要求的案卷，进行必要的部分加工整理；对由于遭受损失、销毁与移出等各种原因致使整理体系发生重大变化的档案，进行新的系统化调整，对必须接收和征集的零散档案，进行包括整理工作全部内容的系统化和编目。
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