土壤温度：菌剂中的生物菌一般在土壤18-25℃时生命活动活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，在阴雨天大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。
土壤酸碱度：土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，土壤pH值在6.5-7.5之间时适合生物菌的繁殖。菜农可根据土壤的情况进行改善，让土壤pH值达到6.5-7.5，保证生物菌大量繁殖。
有些人觉得生物菌肥也能改善土壤索性就不管了，其实这种认知是片面的。生物菌肥并不能直接参与调节土壤酸碱度，主要作用还是利用生物菌改善微生态环境，算是土壤调理剂的一种，而土壤调理剂里面有专门调节酸碱度的，如果拿生物菌肥去调节土壤酸碱度，那就属于“大材小用”了。直接用在碱性的土壤里，也基本上等于是浪费了。
生物肥料简称“菌肥”，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。它利用微生物的生命活动及代谢产物，改善作物养分供应，为农作物提供营养元素、生长物质，达到调控生长、增强抗逆性，达到提高产量、改善品质、减少化肥使用、提高土壤肥力的目的。通过菌肥中微生物的生命活动，菌剂使用方法，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收;分泌各种ji素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等。在蔬菜上应用，能预防蔬菜死棵，蔬菜用菌剂使用方法，减轻病害，改良土壤、解除盐害等特殊作用，护根铁甲菌剂使用方法，而深受菜农欢迎。
微生物菌剂在中国
高强度、复种指数高都是中国农业种植的特点，从不使用化肥农要的低产出到依赖大量化肥农要带来高收入，中国的农业一直以来都处于过度开发土地生产潜力的误区。2014年，央视《被化肥“喂瘦”的土地》引发国内对于土地健康的关注。中国的农业种植大量的使用化肥农要，尤其是大棚蔬菜，以及果树区，农要化肥的投入占据整个生产成本的三分之二。不仅使用量大，化肥利用率也低，不到30%，所以现在我们要承受放肆依赖化肥农要的后果。
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