进出口货物报检流程大致可分为三步：
1.报检申请（报检人提供外贸合同、、提单、装箱单、等单证；实施安全质量许可、卫生检疫注册的应提交有关证明文件复印件，并在报检单上注名文件号）；
2.报检（将申请的相关信息录入CIQ2000系统，并将相关单证递交检验检疫局检务部门受理）；
3.施检部门施检（施检部门接受单据、确认、检验、结果登记、拟制证稿、审核签字）；
签发证书（检务部门对施检部门拟稿审核，并签发证书）。
入境货物的检验检疫工作程序可以分为：申请报检、受理报检、办理通关、实施检验检疫、放行
1）法定检验检疫入境货物的货主或其代理人首先向卸货口岸或到达站的出入境检验检疫机构申请报检。
2）检验检疫机构受理报检，转施检部门签署意见，计收费。
3）对来自疫区的、可能传播、动植物疫情的入境货物交通工具或运输包装实施必要的检疫、消毒、卫生除害处理后，报检，签发《入境货物通关单》（入境废物、活动物等除外）供报检人办理海关的通关手续；
4）货物通关后，入境货物的货主或其代理人需在检验检疫机构规定的时间和地点到的检验检疫机构联系对货物实施检验检疫。
5）经检验检疫合格的入境货物签发《入境货物检验检疫证明》放行，经检验检疫不合格的货物签发检验检疫处理通知书，需要索赔的签发检验检疫证书。
申报
（1）报检员在接到全套申报单据、装箱单、合同、报检委托书(青岛企业必须提供正本报检委托书)、有特殊要求的其他单据后，在报验申请单上填写随附单据并注明，报检员签名。
（2）到报检前台申报，随时解答商检官员对商品的提问，报检员必须对所申报商品及客户情况有所了解。
（3）申报完成，昆明报检清关单位，报检员根据申报货物的不同，将申报单据转往各个，并且根据各个的不同要求对单据进行登记。
验货
（1）申报完毕的单据，报检员要及时联系客户验货，到检疫局预约验货时间并告知客户。
（2）验货完毕后将单据转回各。
放行
（1）出口验货后到将验货单据找出，根据要求不同填写验货单据交主管人员签字，并在电脑中过机放行。
（2）到计费处计费，昆明报检清关公司，然后到商检财务缴纳检疫费。
（3）打印《出口货物通关单》，如果需要出具检疫部门证书的，还需在单据中注明，以便日后出具检疫证书。
（4）放行后将通关单交给报检操作人员或报关人员签收。
下帐
（1）报检员将出口通关单及商检交给操作人员，操作人员将其复印登记留底，并注明公司编号。
（2）将正本通关单交给报关员报关使用。
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