组织的ISO9001认证分为一阶段审核和二阶段审核，阶段审核的时机主要体现在：认证机构在受理审核ISO9001认证申请以后，经过合同评审，按照受审核方的审核范围和专业特点组建审核组并通知受审核方，至此审核组工作开始启动，即可进人阶段审核，阶段审核通常包括在文件审核基础上的现场审核。审核从策划开始到提交审核报告结束，自始至终应忠于审核目的，特别在ISO9001认证现场审核时，会有各种干扰，稍不注意就会便审核偏离原定轨道。
在特定情况下，阶段审核可不在组织的现场进行，前提是不得降低审核内容及深度要求：
1、受审核组织规模及现场范围很小，其产品生产工艺简单。
2、ISO9001认证机构对申请组织的机构、过程、资源、重要影响因素及其控制方式等己有充分的了解(如组织己依据其他标准被同一机构认证)，认为具备认证审核的条件。
3、ISO9001认证审核组有充分的资源保证，在受审核方的配合下，可确保一个阶段的审核(即在同一时间段内)满足审核深度的要求。
ISO9000认证审核员应熟悉组织的业务过程(包括过程的输入与输出)。目前，这种说法已经落后，甚至是错误的，说白了就是要求组织用文字规定并记载自己的管理活动。应按照组织的业务过程，开展审核的策划与实施，确认具体过程中的活动的管理(包括策划、实施与控制是否满足标准中适用的相关要求)，并按照ISO9001：2000 4．1条款的要求作为对企业质量管理体系进行综合性评价的指导思想。应以PDCA循环的思路，关注过程结果与体系的有效性。这对于确保审核的深度是非常有益的。对于新版标准来说，按照条款实施审核的方法可能不 适用了，ISO9000认证中的一些与管理职责、资源等方面要求有关的职能的实施及结果，可能包括／体现在组织的业务过程(例如内部沟通)中。这就需要审核员根据整个审核过程所观察到的证据，在综合分析的基础上作出判断。
在ISO9001认证阶段审核后，ISO9001认证机构会对组织进行第二阶段审核，下面来介绍下二阶段审核一些知识：
一、第二阶段审核的目的
第二阶段审核的目的是评价受审核方ISO9001认证体系的实施情况，包括有效性。
二、第二阶段审核的依据
第二阶段审核应依据认证标准的要求并基于阶段审核的结果，对受审核方的管理体系进行的符合性、适宜性和有效性评价。
考虑到阶段审核中收集到的有关基础设施、工作环境、过程识别等信息，已得到审核组与受审核方的共同确认，第二阶段审核时可以直接采用上述相关信息，并在阶段审核的基础上进一步审核其运行、维护、保持的情况。
三、第二阶段审核的内容
1、与适用的ISO9001认证体系标准或其他规范性文件的所有要求的复合情况及证据;
2、根据关键绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，对绩效进行监视、测量、报告和评审的情况;
3、受审核方的管理体系和绩效中与遵守法律有关的方面;
4、受审核方过程的运作控制;
5、ISO9001认证内部审核及管理评审;
6、针对受审核方方针的管理职责;
7、规范性要求、方针、绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，适用的法律要求、职责、人员能力、运作、程序、绩效数据和内部审核发现及结论之间的联系。
公司对ISO9000认证不合格品的工作程序应包含：不合格品的判定、标识、记录和隔离。内容主要如下：
1、检验员按照《进货检验规程》、《过程检验规程》、《成品检验试验规程》以及生产部下达的检验标准，对采购产品、过产品和终产品进行检验和试验，判定其是否合格；
2、判定为不合格的产品，检验员按照规定进行标识；
3、检验员在相关检验记录上记录不合格品的数量和不合格品的状况，如出现批量不合格品，检验员应填写ISO9000认证不合格品评审处置单，交生产部，由生产部组织对不合格品进行评审；
4、被判定为ISO9000认证不合格的产品，可行时，责任部门应协助检验员对不合格品进行隔离，防止非预期的使用或装配。
ISO9001认证标准3.2.5条款对质量目标作出的定义是：“在质量方面所示的目的”。各相关部门应根据组织的总目标和本部门的职能制定相应的质量目标。在审核过程中，审核员按照审核计划对某一个部门进行审核时，可以把该部门的主要过程和活动全部审核结束。质量目标必须具体，并能够进行监视和测量。可在管理评审时对质量方针和质量目标进行调整。在ISO9001质量认证申请前 你可以根据贵公司的具体情况，按照一定的推行步骤，引导贵公司逐步迈入ISO9001的世界。
