组织的ISO9001认证分为一阶段审核和二阶段审核，阶段审核的时机主要体现在：认证机构在受理审核ISO9001认证申请以后，经过合同评审，按照受审核方的审核范围和 特点组建审核组并通知受审核方，至此审核组工作开始启动，即可进人阶段审核，阶段审核通常包括在文件审核基础上的现场审核。审核从策划开始到提交审核报告结束，自始至终应忠于审核目的，特别在ISO9001认证现场审核时，会有各种干扰，稍不注意就会便审核偏离原定轨道。
在特定情况下，阶段审核可不在组织的现场进行，前提是不得降低审核内容及深度要求：
1、受审核组织规模及现场范围很小，其产品生产工艺简单。
2、ISO9001认证机构对申请组织的机构、过程、资源、重要影响因素及其控制方式等己有充分的了解(如组织己依据其他标准被同一机构认证)，认为具备认证审核的条件。
3、ISO9001认证审核组有充分的资源 ，在受审核方的配合下，可确保一个阶段的审核(即在同一时间段内)满足审核深度的要求。
ISO9000认证审核员应熟悉组织的业务过程(包括过程的输入与输出)。目前，这种说法已经落后，甚至是错误的，说白了就是要求组织用文字规定并记载自己的管理活动。应按照组织的业务过程，开展审核的策划与实施，确认具体过程中的活动的管理(包括策划、实施与控制是否满足标准中适用的相关要求)，并按照ISO9001：2000 4．1条款的要求作为对企业质量管理体系进行综合性评价的指导思想。应以PDCA循环的思路，关注过程结果与体系的有效性。这对于确保审核的深度是非常有益的。对于新版标准来说，按照条款实施审核的方法可能不 适用了，ISO9000认证中的一些与管理职责、资源等方面要求有关的职能的实施及结果，可能包括／体现在组织的业务过程(例如内部沟通)中。这就需要审核员根据整个审核过程所观察到的证据，在综合分析的基础上作出判断。
在ISO9001认证阶段审核后，ISO9001认证机构会对组织进行 二阶段审核，下面来介绍下二阶段审核一些知识：
一、 二阶段审核的目的
二阶段审核的目的是评价受审核方ISO9001认证体系的实施情况，包括有效性。
二、 二阶段审核的依据
二阶段审核应依据认证标准的要求并基于阶段审核的结果，对受审核方的管理体系进行的符合性、适宜性和有效性评价。
考虑到阶段审核中收集到的有关基础设施、工作环境、过程识别等信息，已得到审核组与受审核方的共同确认， 二阶段审核时可以直接采用上述相关信息，并在阶段审核的基础上进一步审核其运行、维护、保持的情况。
三、 二阶段审核的内容
1、与适用的ISO9001认证体系标准或其他规范性文件的所有要求的复合情况及证据;
2、根据关键绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，对绩效进行监视、测量、报告和评审的情况;
3、受审核方的管理体系和绩效中与遵守法律有关的方面;
4、受审核方过程的运作控制;
5、ISO9001认证内部审核及管理评审;
6、针对受审核方方针的管理职责;
7、规范性要求、方针、绩效目标和指标(与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，适用的法律要求、职责、人员能力、运作、程序、绩效数据和内部审核发现及结论之间的联系。
公司对ISO9000认证不合格品的工作程序应包含：不合格品的判定、标识、记录和隔离。内容主要如下：
1、检验员按照《进货检验规程》、《过程检验规程》、《成品检验试验规程》以及生产部下达的检验标准，对采购产品、过产品和终产品进行检验和试验，判定其是否合格；
2、判定为不合格的产品，检验员按照规定进行标识；
3、检验员在相关检验记录上记录不合格品的数量和不合格品的状况，如出现批量不合格品，检验员应填写ISO9000认证不合格品评审处置单，交生产部，由生产部组织对不合格品进行评审；
4、被判定为ISO9000认证不合格的产品，可行时，责任部门应协助检验员对不合格品进行隔离，防止非预期的使用或装配。
ISO9001认证标准3.2.5条款对质量目标作出的定义是：“在质量方面所示的目的”。各相关部门应根据组织的总目标和本部门的职能相应的质量目标。在审核过程中，审核员按照审核计划对某一个部门进行审核时，可以把该部门的主要过程和活动全部审核结束。质量目标具体，并能够进行监视和测量。可在管理评审时对质量方针和质量目标进行调整。在ISO9001质量认证申请前 你可以根据贵公司的具体情况，按照一定的推行步骤，引导贵公司逐步迈入ISO9001的世界。
