1、减少或治疗人类粪污带来的环境污染问题，通过各种技术手段或社会分工协作，对厕所所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。在进行粪污处理时，往往会带来一些附加的好处，例如回收了粪污中的有用成份用于制药、制肥或回收水资源。
2、减少了厕所对外界资源的依赖性，并节省资源，一般生态厕所具备粪便处理回收水的功能，也有一些厕所不使用水冲方式而达到洁净目的。还有一些厕所利用太阳能作为取暖能源。这些厕所在使用上更具有独立性，特别是对水资源的需求减少，从而具备了节水特点。
3、扩大了厕所的应用范围，提高生活水平，由于生态厕所具有无污染并且节水等特点。使生态厕所可以广泛地应用于环境和条件受限制的地域。如大型的会议场地、广场、旅游景点等。随着这类厕所应用范围的扩大，极大地方便人民群众的生活，提高了生活水平。
从上面三点可以看出，生态厕所在特定的环境下，有其极重要的作用，不仅保护环境、节约资源并且同时能提高生活水平。因此研究和推广生态厕所有着极其重要的现实意义。
移动厕也面临着发展难题，建高造价的生态厕所实属无奈 。生态厕所的造价，要比普通公共厕所高得多。流动的生态厕所相对便宜，几千元钱一个就够了，贵的要好几十万。有些地方地下还没有铺设市政污水管网，但附近的居民却急需一个公共厕所，所以只能造一个不需要排污管道的生态厕所。 所谓生态厕所，其实只是制造商的一个噱头，在公厕管理部门看来，厕所根本没有生态一说。 一到夏天，生态厕所散发出来的异味比较重，其次使用起来也不是很方便，还要对准红外线感应器，上个厕所用得着这么麻烦吗？ 另外监管中心还发现，由于生态厕所里的"菌种"有限，一旦如厕的市民多了，菌种无法分解过量的排泄物，生态厕所也就发挥不了作用了
