1．1 苗圃地选择不当
当前部分苗木生产者在土壤贫瘠、盐碱、涝洼或无灌溉条件的地块，甚至在原来的苹果园或连年在同一块地上育苗，生产的苗木生长弱，根系差，甚至带有根部病害，导致栽后成活率低，生长慢。
1．2 品种混乱
品种混乱主要表现在：①新品种繁育不规范。大多育苗单位，尤其是个体育苗户常常是“人家育啥，我育啥”、“什么赚钱育什么”，将一些刚引进的新品种不经过区域试验便大规模繁育，通过广告宣传直接推向市场。②“一品多名”，张冠李戴，以劣充优。例如，有的苹果苗经营者把早生富士当“红王将”卖，把普通富士当“优系富士”卖。另一方面，由于管理不善，乱采乱接，造成品种混乱，往往调运相同品种的一批苗子，栽后发现品种混杂，五花八门，少则两三种，多则四五种，纯度不高。
1．3 不执行国家苗木标准
虽然国家制定了GB 9847－1988(苹果苗木)质量标准，但大多苗木生产经营者并不采用这一标准，而是自定标准销售。遇到苗木需求量大的时候便低标准、低规格混级销售。
1．4 砧木类型选择不当或中间砧木长短差异太大
育苗单位不考虑砧木特性，如用栽培苹果种子代替海棠种子繁育共砧苗，导致苗木根系发育差，对土壤适应能力也差，易发生根部病害；再如，某一砧木同某一品种亲和力差，或某一砧木嫁接某品种后，会对该品种优良特性的表现产生一些不良影响，育苗户不考虑这些，凭自己的想象自由组合。
再就是果苗嫁接时矮化中间砧长短不一致，有的不足10cm，有的达到了40cm，造成建园后树体生长不一致，园相不整齐。
1．5 育苗密度过大，苗木生长不良
许多育苗户，为了片面追求育出苗木的数量，育苗密度过大，加上肥水管理不到位，长势不良，商品苗档次低，苗木出圃率低，优质苗出圃率更低，质量差。
1．6 缺乏健全的繁育体系
大多苹果苗木生产单位缺乏健全的繁育体系，没有自己的母本园、采穗圃和繁殖圃，致使苗木的纯度和质量大打折扣。另外，采用高接树上的接穗嫁接的苗木，苗木患病毒的机会也会大大增加。
